Zavodom upravlja Upravno vijeće Zavoda. Upravno vijeće Zavoda (u daljnjem tekstu: Upravno vijeće) se sastoji od pet (5) članova koje imenuje Vlada Hercegbosanske županije (u daljnjem tekstu: Vlada Županije) na prijedlog županijskog ministra nadležnog za zdravstvo. Izbor i imenovanje članova Upravnog vijeća vrši se na temelju
natječaja sukladno zakonu. Za člana Upravnog vijeća može biti imenovan samo osiguranik Zavoda. Predsjednika Upravnog vijeća imenuje Vlada Županije prilikom imenovanja ostalih članova Upravnog vijeća. Mandat predsjednika i članova Upravnog vijeća traje četiri (4) godine i po isteku mandata mogu biti ponovno imenovani. Upravno vijeće donosi odluke iz svoje nadležnosti natpolovičnom većinom ukupnog broja članova.
Upravno vijeće obavlja sljedeće poslove:
- utvrđuje program djelatnosti obveznog zdravstvenog osiguranja i mjera za unaprjeđivanje obveznog zdravstvenog osiguranja, utvrđuje politiku korištenja sredstava obveznog zdravstvenog osiguranja, daje smjernice za funkcioniranje stručne službe Zavoda radi pravilnog ostvarivanja prava osiguranih osoba i racionalnog poslovanja,
- donosi statut Zavoda uz suglasnost zakonodavnog tijela Županije i druge opće akte za čije je donošenje ovlašteno zakonom,
- predlaže, sukladno zakonu, stope doprinosa za obvezno zdravstveno osiguranje;
- donosi financijski plan i usvaja završni račun,
- odlučuje o osiguravanju dopunskih sredstava i o načinu pokrivanja mogućih gubitaka nastalih u poslovanju, razmatra godišnje izvješće o radu Zavoda i stručne službe Zavoda, razmatra izvješće o kontroli vrste, opsega i kvalitete izvršenih zdravstvenih usluga,
- provodi prošireno zdravstveno osiguranje ako je uvedeno odlukom zakonodavnog tijela Županije,
- surađuje s drugim županijskim zavodima osiguranja, Zavodom zdravstvenog osiguranja i reosiguranja Federacije Bosne i Hercegovine i drugim tijelima i organizacijama u stvarima od zajedničkog interesa, određuje predstavnike u drugim organizacijama i dr. te
- vrši i druge poslove za koje je ovlašteno zakonom, podzakonskim propisima, općim i drugim aktima.
Upravno vijeće može osnovati vijeća i povjerenstva za izvršavanje određenih zadataka.
Pored poslova utvrđenih Zakonom o zdravstvenom osiguranju, Zakonom o zdravstvenom osiguranju Hercegbosanske županije, drugim zakonima i podzakonskim propisima, Upravno vijeće donosi :
- Poslovnik o radu Upravnog vijeća,
- Program rada Upravnog vijeća,
- pravilnik o radu i
- akt o pravima i uvjetima korištenja ortopedskih i drugih pomagala, stomatološkoprotetske pomoći i stomatološko-protetskih nadomjestaka kao i prava na korištenje lijekova koji se nalaze na listi lijekova koji se osiguranim osobama mogu propisati na teret sredstava Zavoda, uz suglasnost županijskog ministra nadležnog za zdravstvo.
Upravno vijeće donosi i druge propise za provođenje zdravstvenog osiguranja sukladno zakonu i ovom Statutu.
Opći akti Zavoda za provođenje obveznog zdravstvenog osiguranja koje donosi Upravno vijeće objavljuju se u Narodnim novinama Hercegbosanske županije.